50年代初，旗政府转发内蒙古自治区人民政府关于保护文物的文件，要求全旗各级政府各族人民积极保护文物古迹。1958年夏，旗文教科派一名干部专门负责出土文物的管理工作。当年，旗人民委员会发出普查文物的通知，全旗以大队为单位，全面进行文物普查。1962年旗文物古迹管理工作明确由旗文化馆负责。1964年旗辽庆陵、庆州古城遗址、庆州白塔被确定为内蒙古自治区级文物保护单位，旗政府责成文化馆负责其日常管护工作。"文化大革命"中，文物古迹、古建筑遭受严重破坏。"破四旧"中全旗古建筑悉遭毁坏。

　　1966年清固伦淑慧公主墓和固伦荣宪公主墓被掘，损失许多珍贵文物。1974年，荟福寺的山门、钟鼓二楼、前进院的东陪殿、后进院的西陪殿和康熙行宫的前大厅被拆毁，上级文物部门对此进行了严厉批评。为保护文物、加强文博工作，1975年旗革命委员会发出“严禁挖掘古坟、古生物化石”的指示。为加强文物管理和收藏工作，旗文化馆设文物组，并在荟福寺院内设文物收购站，文物工作专职干部增加到4人。文物工作由被动管理转为主动征集收购。文物工作专职人员走乡串户，一边征集收购，一边宣传党的有关文物政策、法令，为提高文物专职干部业务素质，同年派人参加国家在辽宁省举办的考古发掘训练班。1977年旗革命委员会发出保护文物的通知，同年，维修康熙行宫和荟福寺，派人参加辽宁省文化厅举办的文物保管学习班。

　　1979年，在荟福寺举办文物展览，展出旗内发掘收集的各个历史时期的文物。1981年，旗人民政府成立文物馆，专责对文物普查和收集管理。同时，对荟福寺进行修复。1983年为荟福寺前后大殿安装避雷装置。1984年复建荟福寺山门。

　　1985年经内蒙古自治区人民政府批准，旗文物馆改建为旗博物馆，为内蒙古自治区第一个县级的博物馆，内蒙古自治区人民政府主席布赫为博物馆题写了馆名。同年巴林右旗博物馆被评为全国文博系统先进集体，获国务院文化金牌。